在磁山文化遗址发掘过程中，有一个奇怪的现象让众多考古专家深感疑惑。在如此小的遗址上，竟有几十个有规律地集中摆放劳动工具的“组合物”。这些“组合物”多由石磨盘、石棒、石铲、石斧、陶盂、支架等组成，每组一般四件，而且大都按生产工具（石铲石斧等）、脱粒工具（石磨盘石棒等）、炊具（陶盂支架等）分组分类放置，摆放的次序非常明显。这在国内其他新石器遗址中非常罕见。
    最早，一些专家推测，该遗址可能是先人们的墓区，这种“组合物”是随葬品。可是经过数年大面积的普探、试掘，加之遗址外围的调查，并未发现人骨和有关丧葬的痕迹，相反倒发现了大量鸟骨、兽骨，甚至很小的鱼刺等。
    有的专家依据“组合物”的摆放特点，认为这里也许是一个原始人的居住区或粮食加工场所。但他们同样也未能找到相应的证据，因为这里并未发现所谓的生活起居区，就是房基也仅发掘出2座。另外，如果是一个粮食加工场所或生产劳动场所的话，那么每个坑内应有相应的活动空间，而实际上每组“组合物”所占的面积却很小，有的还不足两平方米。
    随着时间的推移，还有一些专家、学者大胆地提出了这样一个可能：这些“组合物”是先人们按照一定的思想意识和习惯格式特意堆集在一起，专门用来“祭祀”灵魂或某种崇拜的遗迹。
    “无论是哪种说法，他们都没有为自己的观点找到充足且准确的证据。”当地考古专家韩林太认为，从各个方面综合考虑，磁山遗址当时应是一个原始村落。