河姆渡遗址河流沼泽密布，地下水位很高，一般不能采用半地穴式建筑解决居住问题，于是河姆渡人发挥聪明才智，开创了人类居住方式的惊人之举——干栏式建筑。
    干栏式建筑是一种以桩木为基础，构成高于地面的基座，再用桩柱绑扎立柱、架梁、盖顶的半楼式建筑，是巢居的继承和发展。干栏式建筑的功能十分强大，首先可以避免野兽的袭击，一般性洪涝对其生命安全也不构成灾害，另外还可以脱离潮湿的地面。“干栏式”建筑是我国南方传统木构建筑的祖源，至今华南有些地区仍存在。
    发明和创造干栏式建筑也不是一朝一夕的事情，河姆渡人的住房经历过好几个阶段。首先是在一棵大树上构巢，紧接着发展到在相邻的三、四棵树上架屋，直到最后才有了现在我们熟知的干栏式建筑。
    河姆渡遗址木结构技术已经取得了惊人的成就，其干栏式房屋的建筑工艺已经十分科学。
    首先就是在房屋朝向的选择上。根据河姆渡遗址第一次考古发掘的建筑遗迹平面图分析，3幢建筑均呈西北—东南的走向。这样建筑的朝向与现在的坐北朝南方向选择有很大差别，对采光、通风、取暖、避寒都不利。河姆渡文化的生产力水平已经很高，这种建筑方式与其丰富的生产、生活经验成反差。可经过仔细考证研究，却发现，这种安排十分合理。
    当时的建筑还未开窗，而门的位置与傣族的干栏式建筑一样是开在山墙面的，具有出入、通风、采光、排除烟尘的诸多功用。干栏式建筑呈西北—东南走向，门的朝向向南偏东10度左右，这个朝向在江浙地区冬季日照时间最长而夏季最短，避开了夏季的炎热，增加了冬季的采光时间。所以对长坡檐、无窗户的干栏式建筑，这个朝向选择是非常符合实际的。迄今当地的建筑仍继承了这个合理的朝向选择，门户向南偏东5～10度是最好的朝向。当然这是通过实践和生活积累得来的。
    干栏式带来的建筑困难比一般地面建筑大得多。万丈高楼平地起，建筑能否成功，基础是关键，干栏式建筑显得尤为重要。河姆渡的建筑基础桩木有圆桩、方桩、板桩之分，各种形式木桩的底部一律砍削成尖刺状或刃状，用打入法处理。接下去架设地梁。从上面基础工程看，开工前需要对建筑负荷有个计算，以决定用材的规格和数量。然后根据建筑面积，室内分隔要求，在现场放样。最后选择座标，以保证木桩的平行垂直，保证下步的梁柱安装工程。
    在河姆渡遗址干栏式建筑遗迹中，最有影响的是出土了上百件带榫卯的木构件。河姆渡人的榫卯技术，把我国应用榫印技术的历史推前了3000多年。7000年前的河姆渡人在没有金属工具的生产条件下，仅以粗劣的石器和骨器，创造了多达十余种形式的榫卯，令人惊叹不已。这种木结构建筑设计之科学，规模之宏大，不仅为我国所罕见，也是人类文化史上最早的杰作，被考古学家称之为7000年前的奇迹。
    河姆渡的建筑师已经有了室内装修的意识，居宅是人类生活、生产、社交的重要场所，也是装修方面的重点。由于石质生产工具的制约，当时的地板比较粗糙，而且高低不平，从出土的“人”字形土块看，室内坐卧处重要区域的地板曾经用泥土抹平，然后铺上苇席，使得这些部位比较平整，容易打扫干净，有利于休息。此外根据建筑学家分析，建筑遗迹中显露出当时室外留有1米多宽的走廊，从出土的直板栏杆卯孔看，走廊外侧还安装着栏杆。
    在室内装修中，他们还着意进行美化，出土的刻花木构件，马鞍形五叶纹陶块可能是室内悬挂于门框或中柱上的艺术品。居宅装饰中最突出的是竖立于屋脊上的鸟形器，它们用石、骨、木和象牙材料制作，正面刻有鸟和太阳的纹饰，顶端两旁有穿孔，用于穿引细绳把鸟形器与木棒绑扎起来，再把木棒绑扎在脊梁上。许多学者认为河姆渡遗址出土的鸟形器可以和铜屋模上的立鸟联系起来，反映古越人爱鸟、崇鸟的习俗。总之这些艺术品表现了河姆渡人的原始宗教信仰，把居宅的装修提高到了艺术的阶段。
    由于干栏式建筑适应江南地区多雨、潮湿的自然环境，还具有防蛇虫猛兽和饲养家畜、堆放杂物的多方面功用，因此历数千年不衰。继河姆渡遗址以后，考古工作者在江苏吴江梅堰、海安青墩、浙江吴兴钱山漾、广东高要县茅岗及湖北蕲春县毛家嘴、四川成都十二桥等遗址中都发现干栏式建筑的遗迹。干栏式建筑直接启示了楼阁的发明，并利用了下部空间，最终导致阁楼与二层楼房的形成。