世界上的许多重大发现都是在极其偶然的情况下发现的，河姆渡遗址也不例外。
    1973年，我国正处于“文化大革命”期间，为发展农业提出了“以粮为纲”的口号。河姆渡村所在的罗江公社地势低洼，洪涝灾害频频发生。为了使境内地势低洼的稻田旱涝保收，获得稳定高产，村里决定对姚江边上一座旧排涝站进行改造。
    排涝站需要安装大功率的水泵，所以地基一定要挖到生土层。这项工程从6月下旬开工，计划在9月投入使用。开工没几天，挖土的工人就遇到了困难，因为泥土中混有很多石头、瓦片甚至骨头。罗江公社负责人罗春华到工地检查工程进展情况时，工人就把情况向他作了汇报。
    罗春华曾经在浙江大学进修过，对文物有一定了解。他认真地查看了挖出来的破罐、碎盘，意识到这些很可能是古代的器物，很快把情况报告给了县文化站。为了避免文物流失，罗春华还把流散到工人手中的器物集中保管起来。
    经过调查，工作人员认定这里是一处含量非常丰富、年代相当古老的文化遗址，立即要求暂停施工，保护现场。
    第三天，浙江省文管会工作人员王士伦来到工地，立刻就被出土的精美器物惊呆了。王士伦认为这是浙江省境内最为古老的新石器时代遗址，当即携带许多实物标本和动物骨骼，返回杭州做汇报。第四天，省博物馆派出一支专家小分队到河姆渡进行抢救发掘和试掘。一个举世瞩目的遗址就这样被发现了。
    1973年11月至1974年1月，河姆渡遗址的正式发掘拉开帷幕，重大发现陆续面世。首先，工作人员在探方里发现了一些木头，上面有人为加工过的痕迹，专家推断这是一口水井的井架。经过进一步发掘，验证了推断的正确性，并确定水井深为1.4米。
    在商周时期的金文中，“井”字中间有一点，与井的构造十分相似，四排木头相交搭成井架，中间的一点为汲水之处。由于这口水井的出现，考古人员推测，这一带很可能是古人类居住的村落。
    紧接着，考古人员在探方中挖掘出11座墓葬和3个灰坑，还有大量的陶片、石器。这个文化层出土的陶器大部分是灰黑色夹砂和夹碳的陶器，这些陶器的质地比较粗糙，从表面留下的痕迹，专家判断它们应该是在距今6000年左右加工出来的。
    当考古人员挖掘到距地面3米深的地方时，在黑褐色的土层中闪出一些金黄色小颗粒，但很快就变成泥土的颜色。考古人员几乎无法相信自己的眼睛：这些东西居然是炭化了的稻谷！这些稻谷在与空气接触之前，还保持着原来黄灿灿的颜色。难道新石器时代的河姆渡人就开始种植水稻了吗？
    工作人员把河姆渡出土的稻谷和人工栽培稻谷、野生稻谷放在一起进行了比较。结果是：野生稻谷颗粒瘦而长，人工栽培稻谷要比野生稻谷的颗粒宽将近一倍，而河姆渡出土的稻谷颗粒更接近人工栽培稻。
    不断有稻谷被发掘出来，如此大量的囤积，为考古人员提供了重要证据，六千年前居住在这里的古人类已熟练掌握水稻种植技术。那么他们是如何种植水稻的呢？考古人员在泥土中发现了许多骨制的东西揭开了谜底，这正是河姆渡人的生产工具——骨耜。大量骨耜的出土，向今天的人们呈现出这样一个事实：六千多年前的河姆渡人，已经脱离了刀耕火种的耕作方法，进入了耜耕农业阶段。
    接下来的发现更让人费解。考古人员除了挖掘出大量的石器、骨器、木器和陶器外，还发现了很多的木板和木桩。据当地人传说，这里以前是海湾，所以这些木板和木桩很可能是当年的木船。地质探测的结果也证明，远古时代，这里果真是海湾。但这些木板是当年的木船吗？那么在这些木板旁边为什么会有大量囤积的稻谷呢？而周围的墓葬又该怎么样解释呢？
    带着这些谜团，考古人员继续向下挖掘，令人吃惊的是，在这些木桩和木板的两端，居然出现了榫卯的痕迹。考古学家断定，这些木板和木桩和木船没有关系。以往的考古发掘证据表明，人类发展到了青铜时代，出现了金属工具，才会出现榫卯。而河姆渡人生活的那个年代比青铜时代早了两千多年，根本不可能有金属工具，这些木头的榫卯是如何加工出来的？发掘工作中的新问题不断出现，而谜底也常常随着进一步的发掘而陆续解开。考古人员在遗址中发现了大量石器工具，河姆渡人正是用这些石制的锋利工具去加工木材，至今这些工具仍旧十分锋利。在遗址中出土的芦苇编织的席子也引起了考古人员的极大关注，这些苇编与今天当地苇编的图案及编制方法几乎完全一样，专家推断，这些苇编在当时很可能是铺在屋顶上用来遮风挡雨的，也可以作为席子铺在房屋地面上，还能作为房屋之间的隔断。于是，考古人员将这些木板、木桩及木构件、芦苇席子进行复原，一个震惊世界的发现展现在人们面前，那就是凝聚了河姆渡人智慧结晶的干栏式建筑。
    接连不断的新发现向考古工作者透露出这样的喜讯：这是浙江境内已知最早的新石器时代的文化遗址，具有十分重要的科学研究价值。碳十四的测定也证实了考古学家的推断，河姆渡遗址距今已有7000年的历史。
    1977年“文革”结束，全国的考古工作者都憋足了一股劲，想要好好地大干一场。因此，河姆渡遗址发掘的报批手续之快，发掘面积之广，参加人数之多，到现场专家之众，大概都是史无前例的。发掘工作于1977年10月8日至次年1月28日进行的，地点选在河姆渡村东北隅水渠两侧。为了做好发掘工作，宁波市成立了河姆渡遗址发掘领导小组，我国著名考古学家苏秉琦、严文明亲临现场指导，古建筑专家杨鸿勋等在现场分析木结构房屋遗迹和地质情况。
    这次发掘历时112天，共布探方20个，揭露面积2000平方米，出土木、石、骨、陶质等各类文物达4700多件，其中墓中随葬品42件，还有大片的木结构干栏式建筑遗迹和大面积的稻谷堆积层，以及大量的动植物遗存。墓葬中还出土了数十具河姆渡人遗骸，他们或仰身直肢或侧身屈肢，少数保存完好。据出土骨骼分析，这些河姆渡人曾患严重脊椎骨变形、增生等疾病，应该是长期从事繁重体力劳动所致。
    河姆渡如一座藏品极为丰富的地下博物馆，形象地展示了南方远古先民生产、生活的真实情景。河姆渡遗址的发现，令长江史前文明得到了海内外学界的重视，中国古文明的另一个源头从此进入了研究者的视线。