河姆渡遗址蕴含着巨大的历史、科学和文化价值，被学术界公认为新中国成立以来最重要的考古成果之一。1982年2月23日，国务院公布河姆渡遗址为国家重点文物保护单位。
    从1986年开始，浙江省、宁波市和余姚市三级政府共同出资，实施河姆渡遗址的保护、建设工程。首先划定遗址4万平方米的保护范围和3.5平方公里的建设控制地带；搬迁叠压在遗址上的全部农民住宅和3家乡办工厂企业；迁移渡口南岸的采石场等，避免遗址内人为的破坏。
    1991年，开始兴建河姆渡遗址博物馆，并于1993年5月12日落成开放，江泽民总书记亲笔题写了“河姆渡遗址博物馆”的馆名。博物馆由文物陈列馆和发掘现场馆两部分组成。文物陈列馆紧邻遗址西侧，主体建筑面积3200平方米，由6幢用连廊相接的建筑构成。建筑造型根据河姆渡7000年前干栏式建筑风格而设计，象征着7000年前榫卯木作技术，并配以土红色波纹陶瓦，古朴而富有野趣。序厅高18米，屋面形似一只展翅飞翔的大鸟，表现河姆渡先民崇鸟、爱鸟习俗，整座建筑古朴、野趣，有河姆渡文化特色。
    河姆渡文化遗址经过两次局部发掘，已经开挖了2800平方米，仅占全部面积的7%。目前，有关部门正准备对河姆渡遗址做第三次考古发掘，并在那里再建一座发掘现场的纪念馆和原始部落村。随着遗址的进一步发掘，必将发现更加丰富的文化内容，也一定会有更多的惊世发现在等待着考古学家的发掘研究。
    河姆渡文化遗址的发现，引起了世界的广泛关注。近几年来，已有二十多个国家、地区和联合国教科文组织的专家、官员前来考察。2001年经国家文物权威部门评选，河姆渡遗址被列入“中国二十世纪百项重大考古大发现”名单。