荀子对各家都有所批评，唯独推崇孔子的思想，认为是最好的治国理念。荀子以孔子的继承人自居，特别着重的继承了孔子的“外王学”。他又从知识论的立场上批判的总结和吸收了诸子百家的理论主张，形成了富有特色的“明于天人之分”的自然观、“化性起伪”的道德观、“礼仪之治”的社会历史观，并在此基础上，对先秦哲学进行了总结。
在孟、荀之外，战国还有一些儒家学者，其中的一位（不知其姓名）写成《易传》一书。《易传》认为，宇宙万物处于永恒的生灭变易之中，变易的根据在于宇宙中阴阳、刚柔相摩相荡。《易传》的作者虽然没有留下名字，但其理论思维水平很高。儒家思想由于孟子、荀子、《易传》作者以及其他内部派系代表人物的发展，而成为先秦显学之一。
秦始皇统一中国以后，接受法家李斯的建议，焚诗书、坑术士。汉朝建立后，前几代统治者都不好儒术，汉文帝“好刑名之言”，窦太后“好黄老之术”，景帝“不任儒者”。到汉武帝时，采纳董仲舒的主张，罢黜百家，独尊儒术。儒家在经过为时不长的消沉之后，又兴盛起来。此后，中国思想领域发生了巨大变化，道家、法家、阴阳家的思想逐渐与儒术融合。儒术成为以孔孟思想为主，融会其他学说的思想综合体。儒，成为一般知识分子的通称。
汉代儒家以读经、说经、注经、争论经书中的问题为主要任务。汉武帝建元五年（公元前136年）置五经博士，后来五经博士又分为十四，于是经学大盛。两汉经学有今古文之分：汉初经师以当时通行的隶书传授生徒，故称“今文经学”；西汉末刘歆增置以当时不通行的籀文书写的《尚书》、《毛诗》、《周官》、《左氏春秋》，并为之注解，东汉卫宏、贾逵、马融等又递为增补，称“古文经学”。古、今文经学不仅文字不同，治经的方法也不同，“今文经学”多“非常异义可怪之论”；“古文经学”多详章句训诂。
“今文经学”的代表是董仲舒，他出于政治上的要求，提倡天人感应，认为天是主宰自然和人世的人格神，而阴阳五行之变则是天的德刑赏罚，他的哲学是儒家天命观和阴阳五行家思想的结合。两汉时期另外一些儒家学者如扬雄、桓谭、王充、仲长统等，对董仲舒等人的天人感应说和谶纬迷信进行了批判。
两汉经学流弊很多，形式烦琐，内容驳杂，等到了魏晋时期，经学便日趋衰落，代之而起的是玄学。对于玄学，一般看作是道家思想的复兴，但并不排除儒家思想在玄学中的重要地位。玄学的发展借助于两汉经学，王弼注《周易》、释《论语》，何晏作《论语集解》等等，都是玄学家们为经学玄学化所作的努力。儒家经典《周易》则与道家的《老子》、《庄子》并称为三玄。玄学讨论的是有无、本末问题，虽然来自老庄，但与《易传》思想关系密切。特别是玄学家关于名教与自然的争论，虽然其说不一，但无论是王弼的名教出于自然，还是郭象的名教即自然，都肯定了儒家提倡的名教，即使嵇康等人提出“越名教任自然”，也只是出于对当时统治者亵渎名教的愤懑之情，与老庄否定名教旨趣迥异。因此，玄学实际上是援道入儒。儒家思想也在魏晋玄学时期得到了重要发展，它一扫两汉经学的烦琐芜杂，剔除了经学的天人感应说等神秘成分，使抽象思维水平大大提高了一步。