东汉明帝时，佛教传入中国，由于统治者的提倡，佛教在隋唐时期达到鼎盛。一些知识分子以信奉和研讨佛理为时尚，儒家在思想界的地位受到冲击。唐中叶韩愈以儒家思想的传承者自诩，提出了一个“尧以是传之舜，舜以是传之禹，禹以是传之汤，汤以是传之文武周公，文武周公传之孔子，孔子传之孟轲”的所谓“道统”，同佛教的法统抗衡。
儒家的道统思想到北宋中期发展成为新儒学，也即理学。理学是儒家发展的新阶段，源于北宋的周敦颐、张载，并经程颢、程颐的发展，完成于南宋的朱熹。理学以儒家思想为主干，批评佛老，把中国古典哲学推进到一个新的高峰。理学依其对世界本原的不同回答可分为三派：一派以气为宇宙本体；一派以理为宇宙本体；一派以心为宇宙本体。这三派实质上就是唯物主义派、客观唯心主义派和主观唯心主义派。
唯物主义学派以张载为代表，他提出“太虚即气”，“气不能不聚而为万物，万物不能不散而为太虚”，坚持了气的一元论。另一方面，张载的人性论思想却含有很大的唯心主义成分。客观唯心主义学派以程颐与朱熹为代表。他们是理本论者，认为万物生成有理有气，理在气先，理是根本。由于程朱学派的思想严密完整，有利于维护封建专制统治，因此成为元、明、清三代的官方哲学。主观唯心主义学派是陆王学派，陆九渊主心即理，王守仁主心外无物、心外无理。陆王学派强调主观意志对于客观事物的反作用，曾产生过重要社会影响，并在明中叶以后的一段时期达到鼎盛。
明代后期，中国出现了资本主义生产关系的萌芽。作为封建秩序维护者的儒家思想变成了束缚人们思想的桎梏，因此受到明清之际一些思想家的批判。对儒家思想的批判，最初是在儒家内部展开的。明末清初的思想家陈确、黄宗羲、顾炎武、王夫之等人都从不同角度对脱离实际、空谈性理的腐儒进行了严厉批判。戴震不只对儒家传统思想进行了一系列严厉抨击，甚至直斥理学的伦理纲常，说它是以理杀人。
1840年鸦片战争后，太平天国农民革命的领袖们以原始基督教的平等思想为武器，反对儒家思想。中国在列强面前割地赔款，沦为半封建、半殖民地，越发证明儒家思想无用。于是士大夫中的一些先进人士，如严复、康有为等人，引进了西方的进化论和资产阶级民主思想,即所谓新学。在同新学的斗争中，儒学思想显得更加无力。接着在民主革命的高潮中，章太炎等资产阶级民主革命派把对儒家思想的批判又推进了一步。最后，新文化运动又对儒家学说进行了比较彻底的批判，儒学作为独尊的统治地位终于最后结束。
儒家思想统治中国长达2000余年之久，儒家的创始人孔子被封建统治者尊为圣人，儒家学派在漫长的历史中对中华民族的文化发展，对陶冶中华民族自强不息的奋斗精神，都作出过光辉的贡献，但也因为长期被封建统治者利用，随着生产力的不断发展，儒家思想逐步变成了封建统治阶级禁锢人们思想的枷锁，严重阻碍了中国社会的发展。