入圣人之门，迎面是一座小巧玲珑、别具一格的屏门，此门建于明弘治十六年（1503年），门为木构，四周不与垣墙连属，独立院中，类似遮堂门。屏门顶覆灰瓦。门楣因悬明世宗亲颁“恩赐重光”匾额，故称“重光门”。门的四根圆柱下有石鼓夹抱，上面承托着彩绘的屋顶，前后各缀有四个倒垂的木雕贴金花蕾，故又称“垂花门”。在建筑工艺上很有研究价值。过去，重光门平时是不开的，每逢孔府大典、皇帝临幸、宣读诏旨和举行重大祭孔礼仪时，才鸣礼炮开启。
重光门因独立院中，把前院和后院隔绝开来，所以又叫“塞门”。据说这样的塞门一般官司宦人家是无资格建立的，只有封爵的“邦君”才能享受此荣，故《论语•八佾》中有“邦君树塞门”的记载。重光门两面三刀侧的东西厅房，是孔府仿照封建王朝的“六部”而设立的六厅。
过重光门，院中有一片台基，台上原有日晷等物，其后便是宽敞的正厅，即孔府大堂。这是当年衍圣公宣读圣旨接见官员、申饬家法族规、审理重大案件，以及节日、寿辰举行仪式的地文。厅堂5间，进深思3间，灰瓦悬山顶。檐下用一斗二升交麻叶斗拱，麻叶头出锋，座斗斗欹，具有明代风格。大堂中央有一绘流云、八宝暖阁，正中的太师椅上，披铺一张斑瓓虎皮，椅前狭长高大的红漆公案上，摆着文房四宝、印盒、签筒。
大堂正中悬挂着一个“统摄宗姓”匾，上刻清世祖顺治六年（公元1649年）谕旨，要衍圣公“统摄宗姓，督率训励，申饬教规，使各凛守礼度，无玷圣门”，规定了衍圣公在孔氏家族中的种种特权。从唐代起，朝廷就规定曲阜县令由衍圣公兼任，明代以后，规定由衍圣公保举孔氏族人兼任。
堂内两旁及后部陈列着正一品爵位的仪仗。如金瓜、朝天镫、曲枪、雀枪、钩连枪、更鼓、云牌、龙旗、凤旗、虎旗、伞、扇等还有一些象征其封爵和特权的红底金字官衔牌，如“袭封衍圣公”、“光禄寺大夫”、“赏戴双眼花翎”、“紫禁城骑马”、“奉旨稽查山东全省学务”等，第当衍圣出行时，都有专人执掌，以示威严。
大堂之后有一通廊与二堂相连，两堂呈“工”字形。通廊里有一条大长红漆凳，称“阁老凳”。据传明代权臣严嵩被劾将要治罪时，曾到孔府来托其孙女婿衍圣公向皇帝说情，孔府主人未允。此凳系当年严阁老坐候之物。