3号宫殿遗址在1号宫殿遗址西南角上，其间有夯土互相接连。也是一处高台建筑。遗址中间高，西边低，呈鱼脊形。其东西长约117米，南北宽约60余米，总面积约7020平方米。发掘时清理出过廊、回廊两道、屋宇两室。过廊留存高0.2至1.08米的残墙，东西两壁饰壁画，壁画总长32.4米，有建筑、车马、人物、游猎、鸟兽、植物、鬼怪等十分丰富的内容。色彩有红、黑、紫红、石黄、石青、石绿等。车马图每组为四马一车，马有枣红色、黄色和黑色，其系驾方式与秦始皇陵兵马俑坑出土的车马相似。秦咸阳3号宫殿遗址中出土的壁画，是迄今仅见的秦代绘画原作，也是现已发现的最早的宫廷壁画，在中国古代美术史研究中具有重大的价值。
2号宫殿遗址在1号宫殿遗址西北93米处。东西长127米，南北宽32.8—45.5米不等，房屋依台基分为二层。室内发现封闭式排水池和蓄水窖，出土较完整的龙纹、动物纹、四叶纹空心砖多件。此外，还出土瓦当、带钩、半两钱和大量壁画残片等遗物。
1号宫殿遗址之东3.5公里处的柏家嘴，是兰池宫遗址。《史记•秦始皇本纪》云：“始皇为微行咸阳……逢盗兰池。”这里有多处夯土层，出土有“兰池宫当”和云纹瓦当、龙凤纹、素面空心砖，以及方砖、板瓦、筒瓦等遗物。
在今窑店镇北，即《史记•秦始皇本纪》中所述秦国“每破诸侯，写放其宫室”的“咸阳北坂”一带，也有一些重要发现，如毛王沟附近宫殿基址出土楚国瓦当、怡魏村出土齐国瓦当、柏家嘴出土燕国瓦当，这都为确定六国宫室的具体位置，进一步进行考古研究提供了极为有用的线索。
秦咸阳的手工业作坊遗址发现6处，分别冶铜、铸铁、制砖瓦、制陶、制骨器，这些作坊，除一处设在兰池宫附近，其余散布于宫殿遗址的西部。
60年代初和80年代初，先后在长陵车站附近发现了三处窖藏，其中北沙坑中出土熔烧变形的铜器和铁器1000余斤，其中有完整秦始皇诏版一件。南沙坑出土铜器280多件，有生活用具、钱币、兵器和车马器，坑中的三件铜诏版残。西南沙坑出土的320余件铜器大多残损，其中铜人头像一尊，制作颇工，另有秦二世诏版一件。