秦始皇采纳李斯的建议,下令焚烧除《秦记》以外的列国史记,对不属于博士官的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁;有敢谈论《诗》、《书》的处死,称赞过去的而议论现在政策的灭族;禁止私学,想学法令的人要以官吏为师。这种措施引起许多读书人的不满。
就在焚书的次年,即公元前212年,又发生了一起坑儒生的事件。这件事是由几个方士的畏罪逃亡引起的。秦始皇十分迷信方术和方术之士,以为他们可以为自己找到神仙真人,求得长生不老之药。而一些方士,如侯生、卢生之徒,也投其所好,极力诳称自己与神相通,可得奇药妙方。但时间一长,骗局即将戳穿。侯生、卢生密谋逃亡,始皇知道后大怒,于是使御史审讯在咸阳的全部方士与儒生。诸生转相牵连告发,结果查出犯禁者四百六十余人,全部坑杀于咸阳。同时还谪迁了一批人至北方边地。事情发生后,始皇长子扶苏进谏道:“天下初定,远方黔首未集,诸生皆诵法孔子,今上皆重法绳之,臣恐天下不安,唯上察之。”始皇不仅怒而不听,还使扶苏离开咸阳,北监蒙恬于上郡。
焚书坑儒,意在维护统一的集权政治,反对是古非今,打击方士荒诞不经的怪谈异说,但并未收到预期的效果。这一点和秦始皇采用的其他措施有所不同,是秦始皇、李斯所始料不及的。