东汉中枢机关。秦代于少府内设尚书，有令、丞。汉成帝时，初置“尚书”员5人，开始分曹办事。东汉光武帝刘秀鉴于西汉末年大权旁落于贵戚大臣，所以竭力把权力集中于君主，凡机密之事全部交给尚书，以此制约三公。因而加重了尚书的职权。因尚书的官署在宫禁内而称为台阁，故有尚书台之称。
东汉尚书台组织有：尚书令一人，秩千石。若以公为之，则增秩二千石，仪礼亦加。尚书仆射一人，秩六百石。职署尚书事，尚书令不在，则代行处理公务。尚书左、右丞各一人，秩四百石，掌录文书期会，佐令、仆治事。六曹尚书，秩各六百石。三公曹，掌管年终对州郡官吏的考绩；吏部曹，掌管选举和祭祀；民曹，掌管一切有关修建和盐池苑囿的管理；客曹，掌管护驾边疆少数民族朝贺事务；二千石曹，掌管司法诉讼事务；中都官曹，掌管水、火、盗贼等治安工作。尚书侍郎36人，秩四百石，每曹6人，职掌文书起草。尚书令史18人，秩二百石，每曹3人，主书。东汉尚书台权力极重，既出诏令，又出政令；朝臣选举，由尚书台主管；还拥有纠察、举劾、典案百官之权；参预国家重大政事的谋议、决策，对朝政有着重大影响。
尚书台权力重，但台官职位卑微，长官尚书令不过千石，尚在九卿之下，这样位卑权重，皆由皇帝亲任干练之士充任，便于控制，发挥效率。尚书台的设置在东汉政府机构设置中的变革，是最具有代表性的，而且是后世的政府机构演变的雏形。
汉成帝时，尚书开始分曹，在尚书之下设五曹，其中三公曹主断犾。至东汉时，在尚书下分六曹，其中二千石曹“主辞讼事”。
三国时，尚书台已正式脱离少府，成为全国政务的总汇。因为它威权升高，引起最高统治者的疑忌，所以最高统治者又开始剥夺它的权力。魏晋至宋时，仍是中央最高政府机构之一。西晋灭亡后，在北方建立的十六国，除前凉、西凉遥奉江南正朔，不立尚书台外，其余政权均有尚书令、仆射、尚书等官职。北魏出自鲜卑族，有部落大人会议决事的制度，魏道武帝拓跋珪破后燕，皇始元年（396年）始仿魏晋立尚书台，置三十六曹。东魏、北齐承袭北魏，而尚书之权较重。西魏时，宇文泰以大行台执政。大行台的组织略同于尚书省，有仆射、尚书、丞、郎等职。
隋文帝杨坚代周称帝，恢复尚书省，并使之成为名副其实的全国最高行政机构。唐沿隋制，也是三省（尚书、门下、中书）并置，而尚书省事无不总，是全国行政的总汇机构。唐代后期，尚书省已有名无实。北宋初，形式上还保留尚书省的组织系统，但权力既不归属，郎官又不治事，权借此以寄禄秩，别无差遣，尚书省的制度名存实亡。辽、金有尚书省，与宋制略同。元代以后，尚书省遂废除。