门阀政治是东晋特殊历史时期的一种特殊政治形态。它是皇权与世家大族势力平衡运动的结果。它的出现有三个主要原因：一是东晋王室没有取得帝位的法统、实力，无法拥有强有力的皇权；二是在这两晋之际，胡羯交侵，大江南北的汉族都需要一个可以拥戴的名号，而南北方士族，难以自立门户，另起炉灶；三是皇权与士族政治冲突的现实结果。司马睿即位不久，就不甘心皇权受到士族的约束，而士族也绝不乐意司马睿发挥皇权的威力来限制他们。晋元帝重用刘、刁两家士族，引起王敦叛乱，得到士族的支持，这说明士族在东晋的特殊地位和特殊利益，不容皇权侵犯。
门阀士族争夺对政治的主导权是门阀政治最严重的弊病。它导致在政治目标的实现方面很难做到内部团结一致。在东晋门阀政治中起过主要作用的士族，如琅邪王氏、高平郄氏，这些当时当权门户，如无适当人物为代表掌握政柄，其门户的政治核心地位就无法继续，其他门户就取而代之。因而各门户之间，为争夺议政权和州镇军事权力，勾心斗角，消耗了东晋王朝的整体实力。
东晋门阀政治在淝水之战后开始出现转折，士族当权人物陆续凋零，继起的士族无法再保持王导、谢安之流的政治才干。孝武帝开始依靠母亲会稽王司马道子伸张皇权，政治争斗破坏了门阀政治，诱发了东晋社会中的各种矛盾。同时，一直受高门士族排挤的次等士族，也在寻找表达政治愿望的机会。刘裕在京口重组北府势力，孙恩卢循以道术聚众起事，终于用武力摧毁了门阀政治。