这次起义沉重地打击了北魏的腐巧统治，导致了北魏的分裂。武泰元年(528年)二月，胡太后毒死孝明帝，立年仅三岁的族子元钊为帝，临朝称制。在镇压六镇起义中权势日隆的契胡族酋长尔朱荣以此为籍口，遂率部兵攻入洛阳，拥立元子攸为帝，是为孝庄帝，并把胡太后和元钊沉死于黄河，又在河阴杀王公卿士2000多人，史称“河阴之役”，尔朱荣专制朝政。永安三年(530年)九月，孝庄帝不甘心充当傀儡，设计诛杀了尔朱荣。尔朱荣之侄尔朱兆又带兵入洛，废杀庄帝，另立元恭为帝，是为节闵帝。这时，从河北返回山西的六镇镇兵又在其首领高欢的领导下，多次起义。尔朱兆当政后，为了稳固他在山西的统治，遂答应了高欢欲将20多万镇兵仍带回河北就食的请求。高欢脱离了尔朱兆的控制后，遂在河北扩充实力，并与尔朱兆的矛盾日深。结果，高欢击杀了尔朱兆及其党羽，进入洛阳，废杀节闵帝，另立元修为帝，是为孝武帝。永熙三年(534年)，孝武帝为了摆脱高欢控制，率轻骑西入潼关，投靠了关中的宇文泰，北魏分裂。
孝武帝入关以后，高欢遂拥立元善见为帝，是为孝静帝，又迁都邺城，史称东魏。东魏建立后，曾与西魏发生过沙苑之战、河桥之战、邙山之战等多次战争，互有胜负。武定五年(547年)，高欢死，其子高澄继掌东魏大权。不久，即发生了侯景之乱。两年以后，高澄死，其弟高洋继掌魏政。天保元年(550年)，高洋废东魏孝静帝，东魏亡。
高洋废魏帝后，建国号齐，史称北齐，高洋是为北齐文宣帝。文宣帝时期，是北齐的鼎盛时期。但高洋死后，土地兼并之风愈演愈烈，均田制迅速破坏。故北齐武成帝高湛曾于河清三年(564年)重颁均田令，但收效甚微。故国力日渐削弱。577年，终被北周所灭。
北魏孝武帝入关以后不久，即被宇文泰毒死。大统元年(535年)，宇文泰立元宝炬为帝，是为魏文帝，都长安，史称西魏。西魏大权遂落入宇文泰之手。宇文泰原为北魏大将贺拔岳的部属，后随贺拔岳与侯莫陈悦等入关镇压关陇起义。不久，贺拔岳与侯莫陈悦发生火并，贺拔岳被杀，部将遂推举宇文泰为首领，并击杀了侯莫陈悦，占据关中。西魏建立后，宇文泰曾建立计账(租赋预算)和户籍之法，颁布六条诏书，实行“不限制荫资，唯在得人”的选官制度，又创建府兵制度，增长了西魏的国力和军事力量。公元557年，西魏执政宇文护废西魏恭帝，立宇文觉为帝，西魏亡。
宇文护废西魏恭帝后，立宇文泰嫡子宇文觉为帝，是为闵帝，建国号周，仍都长安，史称北周。北周初年，宇文护专横跋扈，先后废杀周闵帝和明帝，又于保定元年(561年)立宇文泰第四子宇文邕为帝，是为周武帝。建德元年(572年)，周武帝杀宇文护，政由己出。他曾进一步整顿府兵制度，又下诏禁断佛、道二教，继续推行均田制和租调制度，遂使北周的国力迅速扩大。建德六年(577年)，周武帝率兵出关，一举灭亡了北齐，统一了北方。周武帝死后，其子周宣帝宇文赟继位。宣帝荒淫奢侈，政治败坏，即位二年即死，年仅八岁的儿子周静帝宇文阐即位，大权遂落入外戚杨坚之手。581年，杨坚代周建隋，并于589年灭亡陈朝，南北朝至此结束。