苏峻、祖约之乱缘起于王敦叛乱时晋明帝引流民帅入卫京师的举措。晋琅邪王司马睿进建康后,对于率众南来的流民帅深怀疑忌,一般都使之停留于淮河南北,不得过江。祖逖虽曾率流民过江行至于京口(今江苏镇江),但未得长驻,即北返中原。苏峻率众至广陵,旋即奉命至淮北。王敦起兵东下,击溃东晋所倚重的戴渊、刘隗军。晋明帝无力对付王敦,遂于323年(太宁二年)接受郗鉴等人建议,引江淮流民帅刘遐、苏峻等入卫京师以平内乱。
苏峻在324年(太宁二年)王敦攻打建康时,曾帮助朝廷军抗击王敦。战后因功升任冠军将军、使持节、历阳内史,封邵陵公。苏峻于国有功,声威渐起,统精兵数万,武器也十分精良,成为江北一支强大的军事力量。苏峻日益骄纵,也收纳隐匿逃亡的罪犯和亡命之徒。326年(咸和元年),意图作乱的南顿王司马宗被中书令庾亮诛除,其党羽卞咸的哥哥卞阐逃至苏峻处。庾亮命苏峻送还卞阐,但苏峻没有听命,因而被庾亮认定为一个祸患,终会引发祸乱。
祖约也曾参与讨伐王敦,镇守寿春以防卫北方。祖约认为自己资历和名气都不在郗鉴和卞壸之下,却没有成为明帝任命的辅政大臣而耿耿于怀,更认为中书令庾亮曾篡改遗诏。326年(咸和元年)后赵石聪进攻寿春,祖约多次向朝廷求援但,但援兵迟迟不至。苏峻击退石聪之后,朝廷却在打算修筑作防御用的涂塘。在祖约看来,朝廷已经放弃了他,十分愤慨,多有怨言。
公元327年,苏峻、祖约以诛杀庾亮为口号,率军进攻建康。桓彝、卞壶起兵抗拒,但都兵败被杀。苏峻破城后,庾亮逃亡,庾太后忧愤而死。苏峻、祖约掌控了朝中大权。史称“苏峻、祖约之乱”。
公元328年,温峤邀陶侃共赴国难,起兵讨伐苏峻。陶侃与庾亮有隙,开始不愿出兵,温峤晓之以义,并推举陶侃为盟主,陶侃才同意出兵。王舒、郗鉴等人也纷纷起兵响应。陶侃等率军击破苏峻、祖约军。苏峻被杀,祖约败逃后赵,后来被石勒杀死。东晋转危为安。由于庾太后已死,庾氏兄弟失势,安王导执掌东晋朝政,宣称以北代中原为己任,妄图建立起自己的根基势力。庾亮等人镇守武昌,占据了东晋近半领土。
苏峻、祖约之乱后,京邑凋敝,民生惨淡,众皆认为因起庾亮,庾亮不能自安,于是求出外镇自效。庾亮出豫州刺史镇守芜湖,以帝舅身份,遥领朝政,使得居内辅政的王导惶惶不能相安。这激化了庾、王两大士族的矛盾,此后,庾亮更曾打算发兵征讨王导,由于郗鉴等人的反对从而免却了这两士族门阀战争。
流民帅苏峻、祖约叛乱,沉重打击了东晋当政的门阀士族。直至东晋至孝武帝时,士族内争有所顾忌,未敢轻易动兵,东晋也得以免于内战达七十年之久。