宋承唐制，设门下省、中书省、尚书省(三省)、工部、刑部、兵部、礼部、户部、吏部(六部)。但北宋前期除刑部尚保留审覆天下大辟案的职权外，三省六部的主要职权都已转移至其他机构，其长官也都只作为寄禄官衔，另派升朝官分别主判，以处理残留细务，三省六部制仍是名存实亡。元丰改制，以三省取代中书门下为最高行政机构，与枢密院对掌文武大权。除正、副宰相外，门下、中书省分设左、右谏议大夫，左、右司谏，左、右正言掌原谏院所领谏诤弹劾职务，起居郎、起居舍人掌原起居院所领修起居注职务，又分设门下后省、中书后省，为门下省及中书省下属机构，分别以给事中及中书舍人主管，以给事中掌原封驳司的封驳职务，并以封还词头的方式行使封驳权。尚书省下领六部，由各部尚书、侍郎主管，以原审官东、西院，流内铨，三班院所领职务归吏部，以原三司与司农寺所领主要财政职务归户部，以原太常礼院所掌礼仪职务复归礼部，以原审刑院纠察在京刑狱司覆刑狱及三司有关审核会计帐册等职务并归刑部，以原三司有关修造、坑冶等职务归工部，某些次要军务归兵部，并废除枢密院之外的旧有机构，恢复六部下属二十四司。宋哲宗时，改为三省共同议事，奏请取旨，分省治事行下，实际上使三省合一，后习惯上常统称三省。南宋高宗时，又实行三省合一，二十四司也时或省并。宋孝宗时，又进一步省并六部下属诸司，如以司封兼司勋，礼部兼祠部，兵部兼驾部，都官兼比部，工部兼屯田等。
辽代南面官系统中，设三省六部(其中“中书省“初名”政事省“)，设官同于宋制。金、元、明只设一省六部，一省，金为尚书省；元、明为中书省。明洪武十三年(1380年)罢中书省，分中书省之权归于六部。自此，六部取代了三省六部之制。