三塔中的南，北二小塔在主塔之西，与主塔等距70米，南北对峙，相距97.5米，均为五代时期大理国所建造。两塔形制一样，均为10层，高42.4米，为八角形密檐式空心砖塔，外观装饰成阁楼式，每角有柱，每级设平座第4、6级有斗棋，顶端有镏金塔刹宝顶，华丽非常。每层出檐，角往上翘，不用梁柱斗拱等，以轮廓线取得艺术效果。塔通体抹石炭，好似玉柱擎天。
崇圣寺三塔布局齐整，保存完善，外观造型相互协调。大塔协领两座小塔，突出其主要地位，同时又衬托出小塔的玲珑雅致；小塔紧随大塔，衬托出大塔的高大、雄伟。三塔布局成鼎足之势，高耸蓝天，成为大理白族文化的象征，是我国南方最壮丽的塔群。三塔与远处的苍山、洱海相互辉映，点缀出古城大理的历史风韵，虽经历了千年风雨剥蚀和多次大地震，依然完好无损。
三塔的建筑风格，一般都说类似西安小雁塔，是典型的唐塔风格，表现了唐宋时期云南与内地的密切联系，但是三塔又具有不同于内地塔的两个特点：一、三塔层数均为偶数，而内地塔多为奇数。二、中原塔由基座向上直线收缩，下大上小，呈矩梯形；而三塔上下较小，中部较大，外部轮廓呈曲线。
崇圣寺及三塔建成后寺院曾一度香火旺盛，元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧，保护寺产，免征粮税。元代亦曾加以维修，使得“殿庑焕然复兴，三塔峙立，金碧交辉，巨丽与山埒（相等）”。明代，李元阳重修，亦有“三阁、七楼、九殿、百厦”。当时寺中有五宝：三塔、巨钟、雨铜观音、证道歌碑和佛都匾。至徐霞客到大理时，仍见崇圣寺前“三塔鼎立……诺四旁皆高松参天。其西由山门而入，有钟楼与三塔相对，势极雄壮”，楼后为正殿，正殿后为“雨珠观音殿，乃立像，铸铜而成者，高三丈”（《徐霞客游记•滇游日记八》）。据说，寺中的鸿钟，为建极十二年（公元871年）造，“径可丈余，而厚及尺”，“其声闻可八十里”。“万古云霄三塔影，诸天风雨一楼钟”，历来为人所乐道。雨铜观音，庄严静美，细腰跣足，造型精美，为南诏遗物。然世事沧桑，巨钟已毁于清，雨铜观音毁于十年动乱，证道歌碑与佛都匾连同寺院一起，今已无存。
历经千年沧桑和风雨剥蚀，崇圣寺毁于清咸丰年间，西三塔却巍然屹立。1925年地震，塔顶地震，塔顶震落，残破益重。建国后政府对三塔保护十分重视，1978年对其进行了大规模维修。这次维修中在千寻塔基座中发现了南诏、大理时期的佛教文物600余件，其中有大量的佛像和写本佛经，其中有一尊金质观音像，重1135克，高24厘米，极为珍贵。这是迄今为止发现的南诏国和大理国时期文物中最为丰富的一批，价值极高，为中外所瞩目。这些发现，揭开了古代大理这个“佛国”的一道神秘面纱。