证圣元年春一月，上加尊号曰慈氏越古金轮圣神皇帝，大赦天下，改元，大酺七日。戊子，豆卢钦望、韦巨源、杜景俭、苏味道、陆元方并左授赵、鄜、集、绥等州刺史。丙申夜，明堂灾，至明而并从煨烬。庚子，以明堂灾告庙，手诏责躬，令内外文武九品已上各上封事，极言正谏。春二月，上去慈氏越古尊号。秋九月，亲祀南郊，加尊号天册金轮圣神皇帝，大赦天下，改元为天册万岁，大辟罪已下及犯十恶常赦所不原者，咸赦除之，大酺九日。
万岁登封元年腊月甲申，上登封于嵩岳，大赦天下，改元，大酺九日。丁亥，禅于少室山。己丑，又制内外官三品已上通前赐爵二等，四品已下加两阶。洛州百姓给复二年，登封、告成县三年。癸巳，至自嵩岳。甲午，亲谒太庙。春三月，重造明堂成。夏四月，亲享明堂，大赦天下，改元为万岁通天，大酺七日。以天下大旱，命文武官九品以上极言时政得失。五月，营州城傍契丹首领松漠都督李尽忠与其妻兄归诚州刺史孙万荣杀都督赵文翙，举兵反，攻陷营州。尽忠自号可汗。乙丑，命鹰扬将军曹仁师、右金吾大将军张玄遇、右武威大将军李多祚、司农少卿麻仁节等二十八将讨之。秋七月，命春官尚书、梁王三思为安抚大使，纳言姚璹为之副。制改李尽忠为尽灭，孙万荣为万斩。秋八月，张玄遇、曹仁师、麻仁节与李尽灭战于西硖石黄麞谷，官军败绩，玄遇、仁节并为贼所虏。九月，命右武卫大将军、建安王攸宜为大总管以讨契丹。并州长史王方庆为鸾台侍郎，与殿中监李道广并同凤阁鸾台平章事。吐蕃寇凉州，都督许钦明为贼所执。庚申，王方庆为凤阁侍郎，仍依旧知政事。李尽灭死，其党孙万斩代领其众。
冬十月，孙万斩攻陷冀州，刺史陆宝积死之。十一月，又陷瀛州属县。
二年正月，亲享明堂。凤阁侍郎李元素、夏官侍郎孙元亨坐与綦连耀谋反，伏诛。原州都督府司马娄师德为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事。春二月，王孝杰、苏宏晖等率兵十八万与孙万斩战于硖石谷，王师败绩，孝杰没于阵，宏晖弃甲而遁。夏四月，铸九鼎成，置于明堂之庭，前益州大都督府长史王及善为内史。五月，命右金吾大将军、河内王懿宗为大总管，右肃政御史大夫娄师德为副大总管，右武威卫大将军沙吒忠义为前军总管，率兵二十万以讨孙万斩。
六月，内史李昭德、司仆少卿来俊臣以罪伏诛。孙万斩为其家奴所杀，余党大溃。魏王承嗣、梁王三思并同凤阁鸾台三品。秋八月，纳言姚璹为益州大都督府长史。九月，以契丹李尽灭等平，大赦天下，改元为神功，大酺七日。娄师德为纳言。冬十月，前幽州都督狄仁杰为鸾台侍郎，司刑卿杜景俭为凤阁侍郎，并同凤阁鸾台平章事。圣历元年正月，亲享明堂，大赦天下，改元，大酺九日。春三月，召庐陵王哲于房州。夏五月，禁天下屠杀。突厥默啜上言，有女请和亲。秋七月，令淮阳王武延秀往突厥，纳默啜女为妃。遣右豹韬卫大将军阎知微摄春官尚书，赴虏庭。