严嵩倒台后，《清明上河图》第三次被没入了皇宫。但当时的隆庆帝却并不喜欢字画，想赐与成国公朱希忠。一个小太监得知此画价值连城，便将画盗走，正要出宫，管事人来了，小太监急将画藏到阴沟里，恰遇当天下雨，一连三天，画已腐烂，不堪收拾。
不过，有人认为这个说法实为盗画人冯保杜撰。冯保是隆庆帝万历年间的秉笔太监，东厂首领，能够出入皇宫。他利用权势盗窃名画，但为了掩入耳目，就编造了以上离奇的故事，目的是避免人们进一步追究此画的下落。
到了清朝，《清明上河图》曾为毕沅收藏，毕沅死后，毕家被抄，《清明上河图)第四次入官。被收在紫禁城的迎春阁内。此后，《清明上河图》一直在清宫珍藏。
辛亥革命后，溥仪(即宣统皇帝)逊位，仍居宫中。1925年，他离宫之前，将宫中珍玩字画盗往天津。《清明上河固》即在其中。后来，伪满洲国成立，他又将此画带到长春皇宫。1945年，东北解放前夕，溥仪仓皇出逃，将此画带至通化，不忍丢掉，因而被解放军缴获，其中有3幅《清明上河图》，当时专家误把其中一仿本误定为真迹入藏，到1950年，杨仁恺先生在东北博物馆库房的赝品堆里翻出有燕山张着亲跋的《清明上河图》，经众鉴定，一致认定此本才是张择端《清明上河图》的真迹，1955年拨交故宫博物馆。这是《清明上河图》第五次入紫禁城，不过不是昔日皇宫，而是人民的博物院了。
直到这时，《清明上河图》才真正地回到了人民的手中。