相国寺在金代和元代由于战乱严重损毁，逐渐萧条。到了明代。由于社会经济发展，朱元璋又当过和尚、重视佛教，故对相国寺多次重修，所以相国寺又兴旺起来。明成化十二年（1474年）曾一度将相国寺改名为崇法禅寺，明末崇祯十五年（1642年），黄河水灌淹开封城，相国寺变成一片废墟。
清朝初年，在相国寺旧址废墟上重建寺院。相国寺又兴旺起来。清道光二十一年（1841年），黄河再次决堤开封城内水深丈余，寺中建筑又遭到严重损毁。
新中国成立后，相国寺经过多次修葺，面貌焕然一新。今日寺内古建筑群由南向北，沿一条中轴线整齐排列，主体建筑正门、二殿（天王殿）、大雄宝殿、八角琉璃殿和藏经楼共五重建筑。中轴线两侧，是对称式的两列阁楼式建筑，东侧是东厢房（即东阁，或称观音阁），西侧是西厢房（即西阁，或称地藏阁）。整个建筑保持着清代风格。正门的楼牌上写着“相国寺”三字，大门两旁有一对石狮，古雅大方。
相国寺内最引人注目的建筑是八角琉璃殿，俗称罗汉殿。这座建筑分内外两部分，外面是一座环绕中间院落呈圆周形的八角殿，院子中心是一座比四周环形建筑高的八角琉璃亭，亭顶立有近两米高的铜宝瓶，亭内供奉一尊千手千眼菩萨。近年来新塑造的五百罗汉，个个神形兼备，明光闪亮，引人入神，反映了当代雕塑艺术的新水平。藏经楼高16．66米，上层斗拱为明代建筑风格，下层周围有出厦游廊，四周有雕栏，气势宏伟。在寺内正门与天文殿之间的东侧有钟亭，亭内有清乾隆三十三年（1768年）铸造的巨大铜钟。传说此钟在霜天敲击发“嗡嗡”洪亮之声传得最远，所以“相国霜钟”是旧汴京八景之一。