四年春，帝与许州田从异诸军同收瓦子寨，杀贼数万众。是时，陈州四面，贼寨相望，驱掳编氓，杀以充食，号为“舂磨寨”。帝分兵翦扑，大小凡四十战。四月丁巳，收西华寨，贼将黄鄴单骑奔陈。帝乘胜追之，鼓噪而进。会黄巢遁去，遂入陈州，刺史赵犨迎于马前。俄闻巢党尚在陈北故阳垒，帝遂径归大梁。是时，河东节度使李克用奉僖宗诏，统骑军数千同谋破贼，与帝合势于中牟北邀击之，贼众大败于王满渡，多束手来降。时贼将霍存、葛从周、张归厚、张归霸皆匍匐于马前，悉宥而纳之，遂逐残寇，东至于冤句。
五月甲戌，帝与晋军振旅归汴，馆克用于上源驿。既而备犒宴之礼，克用乘醉任气，帝不平之。是夜，命甲士围而攻之。会大雨雷电，克用因得于电光中逾垣遁去，惟杀其部下数百人而已。六月，陈人感解围之惠，为帝建生祠堂于其郡。是岁，黄巢虽殁，而蔡州秦宗权继为巨孽，有众数万，攻陷邻郡，杀掠吏民，屠害之酷，更甚巢贼，帝患之。七月，遂与陈人共攻蔡贼于溵水，杀数千人。九月己未，僖宗就加帝检校司徒、同平章事，封沛郡侯，食邑千户。
光启元年春，蔡贼掠亳、颍二郡。帝帅师以救之，遂东至于焦夷，败贼众数千，生擒贼将殷铁林，枭首以徇军而还。二月，僖宗自蜀还长安，改元光启。四月戊辰，就加帝检校太保，增食邑千五百户。十二月，河中、太原之师逼长安，观军容使田令孜奉僖宗出幸凤翔。
二年春，蔡贼益炽。时唐室微弱，诸道州兵不为王室所用，故宗权得以纵毒，连陷汝、洛、怀、孟、唐、邓、许、郑，圜幅数千里，殆绝人烟，惟宋、亳、滑、颍仅能闭垒而已。帝累出兵与之交战，然或胜或负，人甚危之。
三月庚辰，僖宗降制就封帝为沛郡王。是月，僖宗移幸兴元。五月，嗣襄王煴僭即帝位于长安，改元为建贞。遣使赍伪诏至汴，帝命焚之于庭。未几，襄王果败。七月，蔡人逼许州，节度使鹿宴宏使来求救，帝遣葛从周等率师赴援。师未至而城陷，宴宏为蔡贼所害。十一月，滑州节度使安师儒以怠于军政，为部下所杀。帝闻之，乃遣硃珍、李唐宾袭而取之，由是遂有滑台之地。十二月，僖宗降制就加帝检校太傅，改封吴兴郡王，食邑三千户。
是岁，郑州为蔡贼所陷，刺史李璠单骑来奔，帝宥而纳之，以为行军司马。宗权既得郑，益骄，帝遣裨将逻于金隄驿，与贼相遇，因击之，贼众大败，追至武阳桥，斩首千余级。帝每与蔡人战于四郊，既以少击众，常出奇以制之，但患师少，未快其旨。宗权又以己众十倍于帝，耻于频败，乃誓众坚决以攻夷门。既而获蔡之谍者，备知其事，遂谋济师焉。