古代的蒙古人最早信仰萨满教。萨满教崇拜神灵,把世界分为三种:天堂在上,诸神居之;地为之中,人类居之;地狱在下,恶魔居之。而掌教的巫师则宣称自己集万能于一身,除了能役使鬼魅为人祛除灾难外,还能占卜吉凶,预言祸福。他主持传统仪式,代氏族成员求儿、求女、求五谷丰登、人畜两旺,为氏族成员治病等。在早期,则参与解决部落的重大疑难问题,甚至决定首领的继承、部族间的战争与和平等。成吉思汗就曾设置“别乞”(教长),专门管理萨满事务。直到元朝,萨满教在蒙古社会仍占统治地位,在蒙古皇族、王公贵族和民间中仍有重要影响。皇室祭祖、祭太庙、皇帝驾幸上都时,都由萨满教主持祭祀。
元时期,佛教、道教、基督教、伊斯兰教等纷纷传播到蒙古族聚居区,有的烟火颇为兴隆,然而主要是在上层社会流传,蒙古族大众仍信奉原始宗教萨满教,很少受它们的影响。1368年元室北迁,许多外来宗教绝迹,藏传佛教仅一息尚存,伊斯兰教在西蒙古留有某些影响,萨满教的地位更加突出。
17世纪以后黄教虽然传入蒙古地区,但萨满教的遗迹在蒙古人的生活中仍然保存着,主要表现在以下几个方面: