蒙哥汗即位以后，佛教已经深得蒙古权贵的尊崇，有了官方的支持，佛教徒放手反击。这时候，少林寺的一位长老裕公首先发难，向官府状告全真教的不法行为，官府将佛道两家的领袖人物一齐召到和林城，要他们当面对质，辩论是非。在和林城里的万安宫，佛教徒向全真教徒发起了猛烈的进攻，列出了对方的多项罪名，最要害的一项，就是指责全真教徒们大肆宣扬的《老子化胡经》。该经杜撰了老子西出函谷关，到了印度，最终成了释迦牟尼老师的故事，由此认为三教之中，道教最大。但是这种表现出来的中原地区的文化优越感，恰恰是蒙古统治者所忌讳的，“化胡”两个字让全真教的教领们百口莫辩，一败涂地。不久，当时主管漠南汉地的忽必烈，又接到有人状告全真教行为不法的案子，一怒之下，立即派人将全真教的代理掌门人张志敬拘来，痛打一顿，以至张“头面流血，全无愧耻”。
1258年，由于佛道两教的口角不断，忽必烈再次出面，召集两教人士进行大辩论，两教各出精英共五百余人，汇聚到当时的王府开平城，儒家方面也出动领袖人物作为中间人，仲裁两家的胜负，一时间蒙古大草原上汇聚了大量的宗教学者，好像召开了一次国际学术交流会。此次大辩论，全真教徒又一次大败，忽必烈为了让全真教徒心服口服，临了决定再给他们一次机会，要他们表演他们自己宣称的绝活，“佩符入火，自试其术”，当然没有人敢于接受挑战。
全真教至此遭遇重创，道教经典被焚毁，五百多处道观被勒令交给佛教徒进驻，参加这次辩论的十七名全真教领袖人物，被强行押往寺院，剃发为僧，分头监禁，并发布文告：“其落发道士，遍散诸寺，无一逃失，若去了者，与贼同罪”。像管贼一样“监督修行”，全真教从此一蹶不振。