元朝虽以藏传佛教为国教，但对其他宗教如汉地佛教、儒教、道教，乃至外来的回教、基督教等，也不排斥，取宽容姿态。汉地佛教与藏传佛教有许多共同点，作为佛教，一般均为历代帝室所崇尚。
元世祖忽必烈带头祟佛，他于“万机之暇，自持数珠，课诵、施食”。1261年建大乾元寺、龙光华严寺。1285年，“发诸卫军六千八百人，给护国寺修道”。他对佛事也很热心，1285年，于西京普思寺集全国僧侣4万人举行资戒会7日，并令帝师于各大寺庙做佛事19会。1287年，命西藏僧侣在宫廷以及万寿山、五台山等地举行佛事33会。忽必烈曾自述：“自有天下，寺院田产，二税尽蠲免之，并令缁侣安心办道。”这在宋辽是没有的。
此后诸帝对待佛教，大部依世祖的范例办理。如成宗大德元年（1297年），建临洮寺，又在五台绝境建万寿依国寺。五年（1031年），“赐昭应宫、兴教寺地各百顷，兴教寺仍赐钞万五千锭；上都乾元寺地九十顷，钞皆如兴教之数；万安寺地六百顷，钞万锭，南寺地百二十顷，钞如万安之数。”这种营造大寺院和大规模赐田赐钞的风气，有元一代几乎没有中断。其结果，“凡天下人迹所到，精兰胜观，栋字相望”。两宋以来逐渐稳定、衰退的佛教，又有了新的高涨。据至元二十八年（1291年）宣政院统计，当时境内有寺4万2千余所，僧尼21300余人，加上伪滥僧尼，至元代中叶，总数约在百万左右。由于帝室对佛教的多方庇护，一些寺院大量兼并土地，甚至公然侵夺公田、民户。成宗时，常州僧录将官田280顷占为己有；仁宗时，白云宗总摄沈明仁强夺民田2万顷。大德三年（1299年）统计，仅江南诸寺即拥有佃户50余万。元代寺院除经营土地外，还从事各种商业、手工业活动，各地当铺、酒肆、碾硙、货仓、旅店、邸店等多为寺院所有，比之宋代还要活跃。
元代汉地佛教以禅宗为主流。北方有万松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗和海云印简一系的临济宗；南方有云峰妙高、雪岩祖钦、高峰原妙、中峰明本、元叟行端等所传的临济宗。总的说，曹洞盛于北方，临济盛于南方。
行秀在入元后应耶律楚材之请，著《从容录》，其影响虽稍逊于《碧岩录》，但也是文字禅的典范。耶律楚材应成吉思汗之召，扈从西征，深受器重。成吉思汗死后，他被窝阔台任命为中书令，从事“以儒治国，以佛治心”的实践。福裕随行秀出家，先住燕京奉福寺，后住嵩山少林寺，门下弟子相承，绵延不绝，成为曹洞宗在北方的主力。福裕受定宗诏住和林兴国禅寺，受宪宗召诣帐殿奏对称旨，又受世祖“光宗正法”赐号。仁宗皇庆元年（1312年），制赠福裕大司空、开府仪同三司，追赠晋国公。