海云印简曾为忽必烈说法传戒，住正定临济院，在北方中兴临济宗。他的在俗弟子刘秉忠，在忽必烈时参决军政大事，世祖即位后，负责起草朝仪、官制等典章制度，在元初有很高的政治地位。
南方临济宗属杨岐派法系。云峰妙高北上参加元世祖召集的禅、教、律三宗辩论。雪岩祖钦得法于径山师范，他的《语录》强调儒释一致。高峰原妙初习天台，后学参禅，成为祖钦弟子。中峰明本得悟于原妙，是元代重要禅僧，丞相脱欢和翰林学士赵孟烦等也曾从他学禅。他的弟子天如惟则在前人基础上，进一步提倡禅净合一。以上为克勤下虎丘绍隆一系所传。元叟行端则为克勤下大慧宗杲一系所传，大约与明本同时，他的弟子楚石梵琦也是当时知名的禅僧。
受宋代佛教影响，天台宗在杭州、天台一带仍继续传播。活动于杭州的湛堂性澄，于英宗至治二年（1321年）应召入京校大藏经，其弟子玉岗蒙润住杭州下天竺寺，著《天台四教仪集注》，后成为天台宗的入门著作。性澄另一弟子绝宗善继住天台山，晚年专修净土。
元代华严宗仍主要传播于五台山。仲华文才为五台山佑国寺主持，其弟子有五台山晋宁寺的大林了性等，有一定影响。
在传统佛教宗派外，元代江南地区还流行白莲教和白云宗等教团。
白莲教是在宋代结社念佛、净土信仰广泛发展的情况下产生的。它在初创时期是佛教的一个世俗化教派，但在后来则演化为民间秘密教团。
白莲教创于南宋初年江苏吴郡延祥院僧人茅子元。据《莲宗宝鉴》，茅子元先学天台教义，习止观禅法，后慕东晋慧远莲社遗风，“劝人归依三宝，受持五戒”，“念阿弥陀佛五声，以证五戒”；制定晨朝礼忏仪，劝人信仰西方净土。他在江苏青浦县的淀山湖边，建立“莲宗忏堂”，修持净业，自称“白莲导师”。他提倡吃斋念佛，不杀生，不饮酒，男女僧俗共同修持。因其断肉食菜，故又名白莲菜。
白莲教的教义以为，净秽迷悟只是一心作，根据心的染净程度，众生所生净土才有高下差别，因此，它要求把修心与修净土结合起来，在民众中得到迅速传播。绍兴初年，当局以“食菜事魔”的罪名将茅子元流配江州（江西九江），三年（1133年）被赦，宋高宗召见，并赐“劝修净业莲宗导师慈照宗主”的称号。子元死后，小茅阇黎等人继续倡导，使白莲教盛行于南方。