元代白莲教与民间信仰逐渐融合，群众基础日益广泛，政府屡屡感到不安。武宗至大元年（1308年），诏令“禁止白莲社，毁其祠字，以其人还隶名籍”。由于庐山东林寺普度撰《庐山莲宗宝鉴》，解释子元白莲教正义，加上白莲教其他上层人物的积极活动，一度恢复它的合法地位。但白莲宗的下层则转向秘密发展，教义也有变化，成了鼓动和组织农民反抗统治者的手段，终于导致了元末农民的大起义。
白云宗原属华严宗的一支，又名白云菜或十地菜，是北宋末年居杭州白云庵的沙门孔清觉（1043—1121年），提倡菜食为主，吸引了大批信众而建立了一个团体。
清觉以为唯《华严经》教义是“顿教”，属“菩萨十地”中第十地，因而是引导众生成佛的“佛乘”，需要特别加以弘扬。他依据华严宗圆融无碍之说，着力提倡儒释道三教一致，认为儒教明乎仁义礼智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化诱群迷；道教则寂默恬淡，无贪无爱。虽然各有特点，其义则一。白莲宗僧人可娶妻生子，白云宗则不许娶妻，但强调信徒要耕稼自立。其余在戒荤戒酒戒杀等方面两宗大体相同。在浙江西部农村中，白云宗得到很多信徒，据说往往有以修禅念佛为名而男女混杂秽乱的情况，被视作“邪教”。
到了元代，白云宗一度有较大发展，杭州南山普宁寺成为该宗中心。该寺的住持组织雕刻了又一部大藏经，名《普宁藏》，除了复刻宋代思溪《圆觉藏》外，还加入了白云宗的撰述和元代新译经。元仁宗延祐七年（1320年），白云宗再次遭到严禁。