元世祖很重视农业的发展。即位之初,即首诏天下:“国以民为本,民以食为本,衣食以农桑为本”(《元史•食货志》)。元朝统一后,他采取了一系列有利于农业发展的措施,主要有:在中央设立司农司,“专掌农桑水利。仍分布农官及知水利者,巡行郡邑,察举勤惰”。并立迁转法,把“户口增、田野辟”作为考课官吏五事中为首的两项标准。
多次下诏禁止圈占农田作牧场,并派官清理被侵占为牧场的民田,按籍悉归于民或听民耕垦。
招集流民,鼓励垦荒,规定流民复业免税一年,第二年减半征税;垦荒成熟的土地,“限五年验地科差”(《元典章•荒闲田地给还招收逃户》)。
组织军民屯田,成吉思汗、窝阔台汗时已开始实行屯田,全国统一后,“内而各卫,外而各省,皆立屯田,以资军饷”(《元史•兵志》)。到至大(1008—1311)时,全国已屯田一百二十余所(《元史•武宗纪》)。屯田面积达十七万五千多顷。
减免租税,占领江南地区后下令免去南宋的苛捐杂税一百多项。
兴修水利,在中央设都水监,地方设河渠司,“以兴举水利、修理河堤为务”(《元史•河渠志》)。凿通大运河,是元代最大的一项水利工程。此外,还修建了许多水利工程。特别是由于黄河入淮河出海,经常引起淮河下游的严重水灾,元世祖在各地征调人力物力,修治了黄河,使黄淮下游免除了水患。
推广棉花种植,元朝建国后,棉花的种植得到推广。元初,元世祖曾命人组织编写了一部《农桑辑要》,用以指导农业生产。《农桑辑要》说:“近岁以来,苎麻艺于河南,木棉种于陕右,滋茂繁盛,与本土无异,二方之民,深荷其利。遂即已试之效,令所在种之。”书中还列有专节,介绍木棉的栽种方法,以期在全国普遍推广。至元二十六年(1289年),元朝在浙东、江东、江西、湖广、福建等地设立木棉提举司,责民岁输木棉10万匹,至至元二十八年(1291年)罢除。元贞二年(1296年)又规定江南的夏税可用木棉布绢丝绵等物输纳。可见元初之时,江南地区已普遍种植木棉。后来,木棉的种植逐渐向北方推广,马祖常的《淮南田歌》云:“江东木棉树,移向淮南去。”(《石田集》卷5)王桢的《农书》也说:“诸种艺制作之法,北来。”这些措施,有益农业生产的恢复和发展。