医学
1406年，朱棣等主持收集编成《普济方》。（载方六万一千七百三十九个，是我国现存最大的一部医方书。）
1567年，在宁国府太平县试行中国人痘接种方法预防天花。（种痘预防天花是人工免疫法的开端，是医学史上的重大成就。十七世纪我国种痘技术已相当完善，并已推广到全国。我国种痘法于十七世纪初传入欧洲。）
1596年，李时珍著《本草纲目》在南京正式出版刊行。同期问世的还有《濒湖脉学》《奇经八脉考》等。
1601年，杨继洲著《针灸大成》。
1617年，陈实功著《外科正宗》（收集了大量有效方剂。他注重实践，勇于革新，创造性地进行了截趾（指）、气管缝合等外科手术，对我国外科学作出了贡献。书中对一些肿瘤也作了论述。）
1624年，张景岳撰《类经》刊行，同年，景岳再编《类经图翼》和《类经附翼》。
1640，《景岳全书》64卷成书。
1641年，吴游性撰《瘟疫论》。
王夫之在《思问录•外篇》中提出了关于生物体的新陈代谢的观念。
农学
1376年，俞宗本著《种树书》（记载了多种树木的嫁接方法，如桃、李、杏的近缘嫁接和桑、梨的远缘嫁接等）。
1406年，朱橚《救荒本草》问世（收集四百一十四种可供食用的野生植物资料，载明产地、形态、性味及其可食部分和食法，并绘有精细图谱）。
1511年，中国种植玉米。
1547年，马一龙著《农说》。（记载了水稻的精耕细耘、密植、育苗、移栽等的种植经验，是我国第一部运用哲学观点来阐述农业技术的著作。）
1582年，番薯传入中国。
1596年，屠本畯著中国现存最早的海洋生物专著《闽中海错疏》。（记载了沿海一带以海生无脊椎动物和鱼类为主的二百多种水族生物的形态和生活习性等。）
1608年，喻仁（喻本元）、喻杰（喻本亨）合著《元亨疗马集》。（著名的兽医学著作，内容包括对马、牛和骆驼的治疗经验，至今仍有实用价值。）
1617年，赵蛹著《植品》（有关西红柿的种植技术等）。
1628年，徐光启撰《农政全书》。
地理学
1431年，郑和率大型远洋船队到达西洋三十余国。
1425年，《郑和航海图》编成。
1536年，黄衷著《海语》（记录东南亚史地与中国南洋交通情况）。
1565年，胡宗宪编《踌海图编》记录中日交通及抗倭事。
1589年，出现最早的世界地图《申坤万国全图》。
1639年，开始顾炎武编著《肇域志》《天下郡国利病书》。
1640年，徐宏祖著《徐霞客游记》正式成书。