明清时期，北京和南京是全国性的商业城市。明成祖通过“靖难之役”夺取帝位后，永乐元年（1403年）将自己的原封地北平升为北京，从永乐十四年（1416年）到永乐十八年（1420年）对北京进行大规模营建，于永乐十九年（1403年）正式迁都北京，从此北京成为明清两代的都城。它不仅是全国的政治中心，同时也是全国的商业和文化中心。
南京是明初的建都之地，明成祖迁都北京后，这里作为留都，仍是江南的经济、政治、文化中心，成为全国性的商业城市，在明清两代一直维持着繁荣的局面。
此外，苏州、杭州、松江、扬州、宁波、福州、泉州、广州、武昌、长沙、开封、济南、西安、太原、成都、盛京（沈阳）等城市，商业和手工业也很发达。一些边远的边疆地区，在清代也出现了很多商业城市，如库伦、乌鲁木齐、呼和浩特、张家口、多伦诺尔、西宁、打箭炉、伊犁、哈密、阿克苏、叶尔羌等。
明朝无论是铁、造船、建筑等重工业，还是丝绸、纺织、瓷器、印刷等轻工业，在世界都享有盛誉。
明朝以较短的时间完成了宋朝手工业从官营到私营的演变，而且变化得更为彻底。迄至明朝后期，除了盐业等少数几个行业还在实行以商人为主体的盐引制外，一些手工业都摆脱了官府的控制，成为民间手工业。
晚明时中国民间私营经济力量远比同期西方强大，在商业都市的发展规模、人口城市化状况和市场化程度方面也有很大发展，商业空前繁荣。
明代中后期，农产品呈现粮食生产的专业化、商业化趋势。江南广东一大片原来产粮区由于大半甚至八九成都用来生产棉花甘蔗等经济作物而成为粮食进口区，其他一些地方则靠供给粮食成为商品粮食出口区。
一般粮食作物的种植，主要有稻、麦、粟、梁、黍、菽等多种谷类；某些本来可以自给的区域，由于手工业的发展，非农业人口的剧增，或经济作物种植面积的不断扩大，使本地生产粮食不能满足需求，因而每年需从外地输入大量粮食。
不少土地主缙绅也逐步将资金投向工商业，“富者缩资而趋末”，以徽商、晋商、闽商、粤商等为名号的商帮亦逐渐形成，并在一定地区和行业中有着举足轻重的地位。农业人口转为工商业者的数量急增。