当时，黄河大堤年久失修，河水常常泛滥，大批农田被淹，严重影响了黄河沿岸居民的生计。张居正任命专治水利的潘季驯督修黄河水利工程。潘季驯重修堤防，堵塞决口，使黄河不再泛滥，运输通畅，农业生产得到迅速的恢复和发展。
由于朝政腐败，大地主兼并土地，逃避税收，一些豪强地主越来越富，国库收入却越来越少。张居正下令丈量土地，经过清查，查出了一批被皇亲国戚、豪强地主隐瞒的土地，这一来，使一些豪强地主受到了抑制，国家的收入也增加了。
在丈量土地之后，张居正又把当时各种名目的赋税和劳役合并起来，折合银两征收，称为“一条鞭法”。经过这种税收改革，防止了一些官吏的营私舞弊，增加了国家的收入，也多少减轻一些农民的负担。
张居正的十年改革，历经了艰难，更是遭到了豪强权贵的顽强抵制。他的铁碗政治、雷厉风行的改革方式，很快就被既得利益者指责为“时政苛猛”、为人“刚鸷”。多年的政坛争斗、熟读的经书史籍他，对历代改革家的命运不会无动于衷。晚年的张居正，已经料到了自己“身后必不保”的悲剧结局，但他仍然坚定地推行改革，嘱告下属：“诸公宜及仆在位，做个一了百当”，充分表现一位杰出改革家的坚强意志、和自我献身精神。
悲剧性的结局早已注定。张居正的改革之所以成功，是因为明神宗对他的尊敬和信任。在张居正生前，年轻的神宗皇帝，对他十分敬重，任其作为，从不加干涉。但是，随着皇帝的年龄逐渐增长，他也发现张居正权力日益坐大，主持朝政大小事务，自己反而无事可干，他的内心也渐渐感到不安，并开始在不经意间流露出了对他的不满。
万历十年六月二十日，张居正病逝，舍弃了他十六年始终不放的权力，以及十年来竭诚辅佐的皇帝，撤手人寰。可他哪里知道，自己一生为国任劳任怨的功德，换来的竟是家族子孙的大难。
神宗终于可以亲自主政，他急于消除张居正在朝廷中的影响，不惜对劳苦功高的前首辅，展开了全面的清算。在张居正死后不久，就被剥夺了生前一切爵位，全家被查抄，儿子被拷打致死，连他已经80多岁的老母亲，也受到了牵连，他生前创立的新政，逐渐被废除。杰出的改革家，生前备尽荣耀，身死却没有逃脱被“鞭尸”的命运。
著名历史学家黎东方对张居正有这么样的评论：以施政的成绩而论，他(张居正)不仅是明朝的唯一大政治家，也是汉朝以来所少有的。诸葛亮和王安石二人，勉强可以与他相比。但是诸葛亮的处境比他苦，不曾有机会施展其经纶于全中国。王安石富于理想，而拙于实行，有本事获得宋神宗的信任，而没有才干综核僚佐与地方官的名实。
“顾涓流徒烦于注海，而寸石何望于补天”，十年改革的艰辛，终究如张居正自己所说，如涓流入海、寸石补天，无法改变历史发展的大势。杰出改革家张居正的一生，最终虽然以悲剧落幕，但却在古老的封建王朝走向穷途末路的时候，唱响了一曲末世英雄的慷慨悲歌。在他身后，曾经一度中兴的明王朝，仅仅维持了60多年，就无可奈何地走向了彻底的衰亡。