这件事让朱元璋的发妻马皇后知道了。马皇后劝明太祖说：“老百姓家为孩子请个老师，尚且恭恭敬敬，好来好去，何况是皇帝家的老师呢。再说，宋先生一向住在乡下，他孙子的事他怎么会知道？”
明太祖正在火头上，不肯饶恕宋濂。当天，马皇后陪明太祖吃饭。她呆呆地坐在桌边，不沾酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，问她是不是身子不舒服。马皇后难过地说：“宋先生犯了死罪，我心里十分难受，在为宋先生祈福呢。”
马皇后是跟太祖年青时候共过患难的夫妻，明太祖平时对她比较尊重，听她这一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪，改罚充军茂州（今四川茂县）。七十多岁的宋濂，禁不起这场惊怕，再加上路上劳累，在充军途中就死了。
过了十年，又有人告发李善长和胡惟庸往来密切，明知胡惟庸谋反不检举揭发，采取观望态度，犯了欺君之罪。李善长是明朝头号开国功臣，又是明太祖的亲家。明太祖大封功臣的时候，曾经赐给李善长两道免死铁券。这一年，李善长已经七十七岁了，可是明太祖仍没有绕过这位功臣，将李善长和他的全家七十几口全部处死。
接着，明太祖又一次追查胡党，处死了一万五千多人。
自从胡惟庸案件发生以后，明太祖出于加强君主专制的考虑，取消了丞相职位，由皇帝直接管辖吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部六个部的尚书（官名，部的长官）；又把掌握军权的大都督府废了，改设左、右、中、前、后五个都督府，分别训练兵士，需要打仗的时候，由皇帝直接发布命令。这样一来，明朝皇帝的权力就大大集中了。
事情并没到这里结束。过了三年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。明太祖杀了蓝玉，追查同谋，又有文武官员一万五千多人受株连被杀。
这两件大案，几乎把朝廷的主要功臣一扫而空，明太祖的专制和残暴在历史上也就出了名。