明朝的内阁设在文渊阁。在明朝万历年间，内阁首辅张居正让这个紫禁城里最不起眼的房子成为声名显赫的所在。在文渊阁办公的内阁成为实际上的政务决策者。
张居正位居首辅的时期，表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。首先，当时的万历皇帝还是个孩子，张居正身为帝师，很容易影响皇帝的决策。再者，万历的“批红”是在司礼监秉笔太监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系十分密切。张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由他自己“票拟”赞同。而对张居正言听计从的冯保，在批红问题上自然也是对其大亮绿灯。张居正自己上奏章，自己赞同自己的意见，最后还是自己批准自己的建议，张居正的权势已经到了一手遮天的程度。
大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的“批红”，由张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。自明初以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。
通过几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的政务体系。至今人们称呼各国处理国家政务的最高行政机构，仍多按此习惯称为内阁。内阁一词已成为政府首脑部门的代称。